COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 2.820955 2.820955 2.775361
2020-09-21 17:00:00 3.384052 3.384052 2.741687
2020-09-20 17:00:00 2.899530 2.899530 2.734262
2020-09-19 17:00:00 2.695409 2.695409 2.714328
2020-09-18 17:00:00 3.177539 2.465217 2.695976
2020-09-17 17:00:00 2.537990 2.537990 2.686032
2020-09-16 17:00:00 2.498408 2.498408 2.659996

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 2.589928 2.589928 2.203486
2020-09-21 17:00:00 2.953240 2.589928 2.248987
2020-09-20 17:00:00 NaN NaN 2.319148
2020-09-19 17:00:00 NaN 0.000000 2.289769
2020-09-18 17:00:00 5.515832 5.515832 2.353340
2020-09-17 17:00:00 3.173077 3.173077 2.331760
2020-09-16 17:00:00 1.776900 1.776900 2.252838

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 2.426343 0.866551 0.710316
2020-09-21 17:00:00 1.219512 0.201207 0.668928
2020-09-20 17:00:00 1.834862 1.834862 0.670410
2020-09-19 17:00:00 0.473186 0.473186 0.677454
2020-09-18 17:00:00 0.000000 0.000000 0.684118
2020-09-17 17:00:00 0.857633 0.857633 0.697532
2020-09-16 17:00:00 0.938086 0.938086 0.774073

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 1.567603 1.567603 1.187466
2020-09-21 17:00:00 1.304348 0.735294 1.158554
2020-09-20 17:00:00 1.348039 1.348039 1.140041
2020-09-19 17:00:00 1.329787 1.329787 1.126199
2020-09-18 17:00:00 1.575689 1.575689 1.109240
2020-09-17 17:00:00 0.867209 0.867209 1.073529
2020-09-16 17:00:00 1.138406 1.138406 1.063040

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 21.224490 3.027363 3.110408
2020-09-21 17:00:00 4.636520 3.262736 3.042436
2020-09-20 17:00:00 2.856666 2.856666 3.047769
2020-09-19 17:00:00 2.941757 2.941757 3.004544
2020-09-18 17:00:00 3.086969 3.086969 2.939438
2020-09-17 17:00:00 2.821181 2.821181 2.914844
2020-09-16 17:00:00 3.846154 3.846154 2.909695

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 1.405622 2.899096 2.820584
2020-09-21 17:00:00 5.500237 2.887008 2.821428
2020-09-20 17:00:00 2.442132 2.442132 2.842835
2020-09-19 17:00:00 3.227372 3.227372 2.846371
2020-09-18 17:00:00 3.011448 3.011448 2.866986
2020-09-17 17:00:00 2.482510 2.482510 2.849037
2020-09-16 17:00:00 2.349291 2.349291 2.816766

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 1.739130 1.739130 3.062473
2020-09-21 17:00:00 2.882483 2.882483 3.017410
2020-09-20 17:00:00 3.455724 3.455724 3.119810
2020-09-19 17:00:00 3.008204 3.008204 3.210169
2020-09-18 17:00:00 3.979592 3.979592 3.242149
2020-09-17 17:00:00 4.659763 3.563715 3.323318
2020-09-16 17:00:00 2.061123 3.043022 3.399028

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 3.299598 2.592541 2.240431
2020-09-21 17:00:00 2.659146 2.659146 2.230595
2020-09-20 17:00:00 1.865672 1.865672 2.190702
2020-09-19 17:00:00 2.288303 2.288303 2.151115
2020-09-18 17:00:00 2.194928 2.194928 2.093630
2020-09-17 17:00:00 2.261935 2.261935 2.056066
2020-09-16 17:00:00 2.479339 1.971915 2.027658

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 7.028112 7.028112 5.861489
2020-09-21 17:00:00 9.275362 9.275362 5.686456
2020-09-20 17:00:00 7.841328 7.841328 5.579089
2020-09-19 17:00:00 5.394191 5.394191 5.605217
2020-09-18 17:00:00 8.263598 4.184100 5.548272
2020-09-17 17:00:00 3.490401 3.490401 5.622783
2020-09-16 17:00:00 4.649682 4.649682 5.567058

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 1.539633 1.539633 1.643596
2020-09-21 17:00:00 1.344287 0.761357 1.671556
2020-09-20 17:00:00 2.218017 2.218017 1.739055
2020-09-19 17:00:00 1.867650 1.867650 1.798964
2020-09-18 17:00:00 2.186219 2.186219 1.847638
2020-09-17 17:00:00 2.092642 2.092642 1.893988
2020-09-16 17:00:00 1.332998 1.332998 1.910165

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 2.623907 2.623907 3.424680
2020-09-21 17:00:00 4.047619 4.047619 3.316651
2020-09-20 17:00:00 3.365907 3.365907 3.363161
2020-09-19 17:00:00 3.418803 3.418803 3.367306
2020-09-18 17:00:00 3.329506 3.329506 3.442947
2020-09-17 17:00:00 3.767821 3.767821 3.519205
2020-09-16 17:00:00 5.033113 5.033113 3.497567

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 1.036269 1.036269 1.014428
2020-09-21 17:00:00 12.601626 1.219512 1.053607
2020-09-20 17:00:00 0.341297 0.341297 1.048937
2020-09-19 17:00:00 1.538462 1.538462 1.062819
2020-09-18 17:00:00 0.601202 1.171875 1.066860
2020-09-17 17:00:00 0.751880 0.751880 1.075340
2020-09-16 17:00:00 3.125000 1.562500 1.099226

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 1.856148 1.856148 2.347352
2020-09-21 17:00:00 3.546099 3.546099 2.317570
2020-09-20 17:00:00 2.906977 2.906977 2.464666
2020-09-19 17:00:00 1.995395 1.995395 2.527959
2020-09-18 17:00:00 7.171315 2.041833 2.641628
2020-09-17 17:00:00 1.607717 1.607717 2.732137
2020-09-16 17:00:00 1.840491 1.840491 2.791350

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 4.273504 4.273504 3.694496
2020-09-21 17:00:00 2.898551 3.760684 3.814808
2020-09-20 17:00:00 7.692308 3.589744 3.755872
2020-09-19 17:00:00 2.945114 2.945114 3.744337
2020-09-18 17:00:00 3.862661 3.862661 3.799399
2020-09-17 17:00:00 10.497238 3.038674 3.802373
2020-09-16 17:00:00 3.945746 3.945746 3.765590

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 9.061489 3.817314 3.841699
2020-09-21 17:00:00 2.147702 2.147702 3.849577
2020-09-20 17:00:00 2.391410 4.453533 3.801181
2020-09-19 17:00:00 3.907075 3.907075 3.858213
2020-09-18 17:00:00 6.293360 6.293360 3.838953
2020-09-17 17:00:00 2.937474 2.937474 3.835559
2020-09-16 17:00:00 4.804928 4.804928 3.839407

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 2.499068 2.499068 3.005923
2020-09-21 17:00:00 5.270007 3.299389 3.004724
2020-09-20 17:00:00 3.144654 3.144654 3.084385
2020-09-19 17:00:00 4.243615 2.986248 3.103249
2020-09-18 17:00:00 2.990388 2.990388 3.117156
2020-09-17 17:00:00 2.221439 2.221439 3.130180
2020-09-16 17:00:00 4.529464 4.529464 3.120519

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 2.875746 2.875746 3.909841
2020-09-21 17:00:00 7.720145 7.720145 3.902660
2020-09-20 17:00:00 6.666667 6.666667 3.838588
2020-09-19 17:00:00 3.172043 3.172043 3.763865
2020-09-18 17:00:00 4.417671 4.417671 3.689827
2020-09-17 17:00:00 3.089037 3.089037 3.646985
2020-09-16 17:00:00 1.764706 1.764706 3.622441

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 2.509877 2.509877 3.043245
2020-09-21 17:00:00 3.873967 3.873967 3.065930
2020-09-20 17:00:00 4.993543 4.993543 3.043793
2020-09-19 17:00:00 3.598972 3.598972 2.976703
2020-09-18 17:00:00 4.349939 2.260024 2.996997
2020-09-17 17:00:00 2.749141 2.749141 3.019697
2020-09-16 17:00:00 2.419355 2.419355 2.996328

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 2.073991 2.073991 2.260473
2020-09-21 17:00:00 2.650678 2.650678 2.179050
2020-09-20 17:00:00 2.739981 2.739981 2.139319
2020-09-19 17:00:00 2.396113 2.396113 2.152765
2020-09-18 17:00:00 1.793153 1.793153 2.171700
2020-09-17 17:00:00 2.306202 2.306202 2.149866
2020-09-16 17:00:00 1.933820 1.933820 2.119195

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 1.892285 2.701299 2.585145
2020-09-21 17:00:00 1.474926 2.291667 2.485833
2020-09-20 17:00:00 3.529412 3.529412 2.455090
2020-09-19 17:00:00 3.316062 3.316062 2.465933
2020-09-18 17:00:00 2.156057 2.156057 2.414454
2020-09-17 17:00:00 2.291667 2.291667 2.383558
2020-09-16 17:00:00 1.806589 1.806589 2.407046

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 0.909091 0.909091 2.789747
2020-09-21 17:00:00 2.857143 2.857143 3.030346
2020-09-20 17:00:00 3.000000 3.000000 3.017599
2020-09-19 17:00:00 0.000000 0.000000 3.031860
2020-09-18 17:00:00 16.326531 16.326531 3.181720
2020-09-17 17:00:00 0.578035 1.282051 3.093369
2020-09-16 17:00:00 1.351351 1.351351 2.984122

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-22 17:00:00 3.140670 3.140670 3.591998
2020-09-21 17:00:00 5.181087 2.582101 3.452626
2020-09-20 17:00:00 4.336927 4.336927 3.456108
2020-09-19 17:00:00 3.213545 4.662823 3.412267
2020-09-18 17:00:00 4.079740 4.079740 3.371807
2020-09-17 17:00:00 2.625241 2.625241 3.340429
2020-09-16 17:00:00 2.669577 3.756645 3.257912

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.589928 2.589928 2.203486
Basilicata 2.426343 0.866551 0.710316
Calabria 1.567603 1.567603 1.187466
Campania 21.224490 3.027363 3.110408
Emilia-Romagna 1.405622 2.899096 2.820584
Friuli Venezia Giulia 1.739130 1.739130 3.062473
Lazio 3.299598 2.592541 2.240431
Liguria 7.028112 7.028112 5.861489
Lombardia 1.539633 1.539633 1.643596
Marche 2.623907 2.623907 3.424680
Molise 1.036269 1.036269 1.014428
P.A. Bolzano 1.856148 1.856148 2.347352
P.A. Trento 4.273504 4.273504 3.694496
Piemonte 9.061489 3.817314 3.841699
Puglia 2.499068 2.499068 3.005923
Sardegna 2.875746 2.875746 3.909841
Sicilia 2.509877 2.509877 3.043245
Toscana 2.073991 2.073991 2.260473
Umbria 1.892285 2.701299 2.585145
Valle d'Aosta 0.909091 0.909091 2.789747
Veneto 3.140670 3.140670 3.591998
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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